تأخذ سيد الخواتم القصة إلى بعد ستين عاماً من نهاية الهوبيت. تبدأ القصة في المجلد الأول، رفقة الخاتم، عندما يحوز فرودو باغنز، وريث بيلبو المُتبنى، على خاتمه السحري، يكتشف صديق بيلبو القديم الذي ورطه في مغامرات كتاب الهوبيت، غاندالف الأشيب، أن الخاتم السحري ليس في الحقيقة إلا الخاتم الأوحد، أداة قوة سورون، والشيء الذي كان يبحث عنه سيد الظلام لمعظم زمن العصر الثالث، الشيء الذي أغوى الكثيرين للسعي إلى امتلاكه والحصول على القوة التي يحملها.
يرسل سورون خدمه المثيرين للرهبة (النازغول أو أشباح الخاتم متنكرين على أنهم الفرسان السود) إلى شاير بحثاً عن الخاتم، وبمعية خادمه المخلص سام كامجي، وصديقيه المقربين ميري برانديبوك وبيبين توك، يُغادر فرودو إلى نزل، حيث يلتقون بجوال يدعى "سترايدر" يُساعدهم على تضليل الفرسان، وتكشف رسالة غاندالف فيما بعد أنه أراغورن، وريث عرش غوندور وأرنور، إلروند]]، مقرراً أن الفعل الوحيد الذي يمكنه إنقاذ الأرض الوسطى هو تدمير الخاتم بأخذه إلى موردور وإلقائه في نيران جبل الهلاك حيث صيغ.
يتطوع فرودو للمهمة، وتتشكل رفقة الخاتم لتساعده، مكونة منه هو نفسه، غاندالف، أراغورن، بورومير الغوندوري، غيملي القزم، ليغولاس الآلف، والهوبيت الثلاثة الذين رافقوه. تأخذهم رحلتهم عبر مناجم موريا حيث تبعهم المخلوق المثير للشفقة، غولوم، الذي قابله بيلبو في كهوف عفاريت جبال الضباب قبل سنين. استحوذ غولوم على الخاتم لسنين طويلة قبل أن ينتقل إلى ملكية بيلبو، ويشرح غاندالف أن غولوم كان من الهوبيت قبل أن يحصل على الخاتم الذي دمره، وجعله عبداً لقوته الشريرة، وأنه يحاول بيأس استعادة الغالي. بينما كانوا يتقدمون في المناجم، يكشف بيبين موقعهم دون قصد، فتُهاجم الجماعةَ مخلوقاتُ سورون. يُقاتل غاندالف المخلوق تحت الأرضي، الشيطان بارلوغ، ويقع في فجوة هائلة، ليموت ظاهرياً. تهرب الرفقة من موريا، ويقودها أراغورن بعد غاندالف، يتجهون إلى مملكة الآلف في لوثلورين، وهناك تُري السيدة غالادريل فرودو وسام رؤى من الماضي والحاضر والمستقبل، ويرى فرودو أيضاً عين سورون، وهي تعبير ميتافيزيقي عن سورون نفسه، ويُغري الخاتم غالادريل. بنهاية الجزء الأول، بعد أن تسافر الرفقة عبر نهر أنودين العظيم، يقرر فرودو متابعة الرحلة إلى موردور بنفسه، كنتيجة لتأثير الخاتم المتزايد على بورومير، ويُصر سام المخلص على الذهاب معه.
في المجلد الثاني، البرجان، تُحكَى القصة بشكل متوازٍ، في الكتاب الأول من المجلد تُكشَفُ تفاصيل ذهاب المتبقين من رفقة الخاتم لمساعدة روهان ضد الشر المتزايد لسارومان، قائد نظام السحرة الذي أغراه سورون، والذي يريد الخاتم لنفسه. في بداية الكتاب الأول، تتشتت الرفقة بشكل أكبر، فيؤسر ميري وبيبين من قبل أورك سارومان، ويقتل بورومير أثناء دفاعه عنهما، ويتجه أراغورن مع ليغولاس وغيملي لتعقب آسريهما. يُقابل الثلاثة في رحلتهم غاندالف الذي عاد إلى الأرض الوسطى على أنه غاندالف الأبيض، ويُكشَف أنه قد قتل بارلوغ موريا، وبالرغم من أن المعركة كانت مميتة لغاندالف، إلا أنه "وُلد مجدداً" بإدراك أكبر لحقيقة مايتوجب عليه فعله، وثقة كبيرة بالقوى التي يمتلكها. وبنهاية الكتاب الأول، يُساعد غاندالف، وأراغورن، وليغولاس، وغيملي في هزيمة قوات سارومان في معركة هورنبرغ، بينما يقلق سارومان نفسه بسبب الإنتس والهورنس الشبيهة بالشجر التي يرافقها ميري وبيبين بعد أن نجحا في الفكاك من الأسر.
رفقة الخاتم - الجزء الأول
البرجان - الجزء الثاني
عودة الملك - الجزء الثالث